El modelo académico aplicado en la IIEMED se denomina "Modelo Académico Basado en el Desempeño Profesional". Este modelo fue diseñado como respuesta a las necesidades de formación profesional que se necesitan en el país y que fueron identificadas por la “Política Nacional de Medicinas Tradicionales y Complementarias”

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El modelo responde a un entorno altamente exigente de profesionales capacitados para atender rápidamente a los retos que el país enfrenta en estos tiempos de globalización.

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El Modelo Académico Basado en el Desempeño Profesional de la IIEMED es un modelo académico universitario que organiza el proceso educativo en tres dimensiones:

Desarrollo de Competencias Profesionales, Formación para el Desempeño Profesional y el Proceso de Enseñanza -Aprendizaje.